Strukturę organizacyjną Centrum tworzą dwa piony: gospodarczy i niegospodarczy.
Pion gospodarczy (komercyjny, B&R) obejmuje następujące zespoły laboratoryjne:
pracownię piekarsko-ciastkarska wraz z magazynem i młynem (dorota.litwinek@urk.edu.pl);
minibrowar ze śrutownią, warzelnią, rozlewnią, magazynem i leżakownią piw (marek.zdaniewicz@ur.edu.pl);
pracownię przetwórstwa mięsa wraz z magazynem oraz pracownię przetwórstwa ryb (piotr.kulawik@urk.edu.pl);
pracownię sensoryczną z przygotowalnią (paulina.pajak@urk.edu.pl);
pracownię mikrobiologii żywności (aleksandra.duda@urk.edu.pl);
laboratorium analityczne (tomasz.tarko@urk.edu.pl);
laboratorium przetwarzania odpadów (maciej.gliniak@urk.edu.pl);
laboratorium bezpieczeństwa mikrobiologicznego (anna.miernik@urk.edu.pl);
pracownię procesów podstawowych (pawel.ptaszek@urk.edu.pl);
laboratorium chromatograficzne (tomasz.tarko@urk.edu.pl).
W części niegospodarczej Centrum działają zespoły laboratoryjne:
laboratorium bioprocesów (pawel.ptaszek@urk.edu.pl);
laboratorium technologii win, soków i napojów z leżakownią win i magazynem surowców (tomasz.tarko@urk.edu.pl) ;
pracownia przetwórstwa mleka z magazynem (marek.sady@urk.edu.pl);
pracownia gastronomiczna (adam.florkiewicz@urk.edu.pl);
pracownia nutrigenomiki, histologiczna, hodowli komórkowych, biochemiczna i mikrodysekcji laserowej (renata.kostogrys@urk.edu.pl);
pracownia analizy zapachu (robert.socha@urk.edu.pl);
laboratorium fizycznych modyfikacji (tomasz.drozdz@urk.edu.pl);
laboratorium suszarnictwa (jakub.sikora@urk.edu.pl);
laboratoriów pozyskiwania olejków eterycznych (urszula.sadowska@urk.edu.pl);
laboratorium granulacji i ekstruzji (pawel.kielbasa@urk.edu.pl);
laboratorium sortowania i konfekcjonowania (stanislaw.lis@urk.edu.pl);
laboratorium przechowalnicze (tomasz.jakubowski@urk.edu.pl);
laboratorium automatyzacji procesów (marcin.tomasik@urk.edu.pl).